On appelle régénération, la zone de traitement de l'eau de la piscine naturelle, soit incluse dans le même bassin que la baignade, soit dans un bassin distinct, attenant ou séparé de la baignade. Elle est composée, selon les systèmes, de différents graviers, zéolithe, pouzzolane, substrat minéral... et reçoit les plantes aquatiques.